Kladrubský benediktinský klášter vznikl v krajině řídce osídlené slovanským obyvatelstvem r. 1115. Jeho zakladatel kníže Vladislav I. jej současně vybavil hojným majetkem zejména v trojúhelníku mezi Mží, Úhlavkou a hraničním hvozdem, ale i v ostatních částech země.

K prvním českým mnichům se zakrátko připojila i misie z nedalekého Zwiefaltenu, s nímž byly udržovány čilé styky i později, když Češi znovu nabyli v Kladrubech převahy. Klášter se stal několikrát místem diplomatických jednání - například v r. 1219, v době vrcholícího zápasu české církve o vymanění z područí světských feudálů, se zde sešel Přemysl I. se zástupci kurie.

Původně románský kostel byl přestavěn s použitím gotických prvků a vysvěcen r. 1233 za přítomnosti krále Václava I. Někdy kolem r. 1233, za opata Reinera, vznikla v předklášteří, asi při nynějším hřbitově, ves Kladruby (staré Kladruby). Klášterní statky se v té době stále rozšiřovaly a zároveň se cílevědomou činností, v níž vynikl například obratný opat Reiner (1233 - 1275?), soustřeďovaly co možná nejblíže ke Kladrubům. Nová privilegia stejně jako hledání a využívání nových metod hospodaření i vzrůst Kladrub, povýšených v této době na městečko, napomáhaly vzestupu moci a významu Kláštera ve druhé polovině 14. století. Kladrubský opat tehdy disponoval úctyhodným počtem 128 vesnic pod správou tří proboštství v Kladrubech, Touškově a Přešticích. Klášter nejednou hostil i císaře Karla IV.

Brzy se však staly Kladruby průsečíkem, v němž se střetly zájmy nejvyšších hodnostářů země tak intenzivně, že se postavení kláštera otřásalo v samých základech. Václav IV. se rozhodl oslabit jednoho ze svých nejzavilejších domácích protivníků, pražského arcibiskupa Jana z Jenštejna, zřízením nového biskupství, jež mělo získat statky dosavadního kláštera. Královi odpůrci však r. 1393, po smrti kladrubského opata Racka, zmařili panovníkův záměr rychlou volbou nového opata, jehož arcibiskupský vikář Jan z Pomuka neprodleně schválil. Ostrá vnitropolitická zápletka, která kolem celé záležitosti vznikla, přivedla arcibiskupa do vyhnanství, Jana z Pomuku pak na mučidla a nakonec na dno Vltavy, kam byl královskými věrnými již polomrtvý svržen z Karlova mostu.

 Husitské revoluční hnutí znamenalo pro klášter nejprve jen majetkové ztráty, když musel finančně vypomáhat císaři Zikmundovi. Roku 1421 však snad alespoň zčásti opevněný kladrubský klášter, jehož mniši včas uprchli i s nejcennějším majetkem do Řezna, dobyl Jan Žižka z Trocnova. Kladrubští benediktini se pak několikrát vraceli a znovu utíkali, ale nemohli zabránit zabrání nemovitého majetku okolní šlechtou, a to jak podobojí tak i katolickou. Téměř do konce 15. století trvalo zastavování i prodávání vlastních statků, komplikované i zpustošením kláštera při boji panské jednoty a křižáků proti králi Jiřímu z Poděbrad v roce 1467.

Situace se zlepšovala jen pomalu. Koncem 15. století se projevilo jisté oživení hospodářského ruchu na panství, kde byly objeveny a otevřeny doly, začalo se v nevelkém měřítku s rybníkářstvím a znovu se rozmáhala městečka Touškov a Kladruby. Vzestup kláštera, který se navenek projevil i nákladnou opravou chrámu P. Marie (znovu vysvěcen r. 1504) a diplomatickou aktivitou, však netrval dlouho. Pozice kláštera zůstávaly přece jen příliš labilní a ani poměrně schopní opati nedokázali úspěšně čelit řadě nepříznivých událostí. Velký požár r. 1590, při němž lehly popelem všechny klášterní budovy, předčasné abdikace opatů, neustálé vnitřní spory a vizitace jen dotvrzují,že 16. století zde nebylo obdobím idylického vývoje.

  Třicetiletá válka znamenala několikeré dobývání a olupování kláštera i městečka oběma stranami. Klášter však dokázal využít poválečné konjunktury katolické církve k poměrně brzkému zacelení největších ztrát (v polovině 17. století měl 2 městečka a 28 celých vsí) a mohl již r. 1653 provést rozsáhlejší opravy chrámu P. Marie. Při nich byl otevřen hrob zakladatele kláštera knížete Vladislava I. a jeho ostatky přeneseny k oltáři v křížové lodi, odkud pak byly při přestavbě r. 1728 znovu přemístěny k hlavnímu oltáři.

  Roku 1670 byla dokončena velká rekonstrukce konventní budovy, v letech 1664 - 1670 byla postavena stará prelatura. Již předtím, r. 1658, se klášter stal poutním místem. Konec 17. a první polovina 18. století znamenají pak vrchol v historii kladrubského kláštera, který se tehdy trvale a vskutku reprezentativně zapsal do obrazu krajiny i  dějin naší architektury. Představuje však i vstup do závěrečného stadia, do období posledních tzv. velkých opatů a budovatelů kláštera, Maura Fintzguta, Josefa Siebera a Amanda Streera.

  Znovuzískáním přeštického statku r. 1705 a dalšími drobnými koupěmi byla v podstatě dokončena obnova klášterního majetku a vytvořeny hmotné předpoklady tohoto vyvrcholení. Roku 1712 se klášter mohl pustit do velkolepé přestavby svého chrámu, spojené se jménem vynikajícího barokního stavitele Jana Blažeje Santiniho Aichla. Přestavba skončila v roce 1726. V Kladrubech dosáhl své české kulminace architektonický styl nazývaný barokní gotikou a reprezentovaný především Santinim. 

Kladrubský chrám P.Marie, jeden z největších v Čechách vůbec, byl dostavěn a vysvěcen r. 1726 a výstavba klášterního areálu pokračovala ihned dál budováním nového konventu a nové prelatury. Jeho projektantem byl snad Kilián Ignác Dienzenhofer, do r. 1739 byla dohotovena dvě křídla, severní a jižní, a do konventu byli uvedeni mniši. Celek byl dokončen do r. 1770. Činnost jmenovaných velkých opatů se ovšem projevovala i jinak. Podařilo se jim stabilizovat poměry na klášterních statcích a intenzivně na nich rozvíjet vrchnostenské podnikání, upevnit pořádek a kázeň v klášteře, podstatně zvýšit hodnotu klášterní knihovny, podpořit prestiž konventu koupí ostatků svatých a uměleckých děl i získáváním dalších privilegií. Stát směřující k osvícenskému způsobu vlády však stále častěji zasahoval do klášterních pravomocí, stále častěji se objevovaly náznaky, že stejně jako byly rozpuštěny celé řády a likvidovány jednotlivé kláštery, bude pravděpodobně zrušen i kladrubský benediktinský konvent. K tomuto kroku přistoupil císař Josef II. roku 1785, dva roky po smrti Amanda Streera, jenž již neměl nástupce. Klášterní mobiliář byl většinou rozprodán v dražbě, mniši se rozešli a panství, tvořené 38 vesnicemi, 15 dvory a 9 mlýny, spravoval náboženský fond. Stavební objekty byly využity r. 1798 jako vojenský špitál, v němž krátce žili  mimo jiné i mniši trapisté z Francie, než odešli dál do Ruska, r. 1800 v nich bylo ubytováno vojsko, pak opět zřízena nemocnice, znovu kasárna a r. 1818 invalidovna.

  Roku 1825 koupil  kladrubský klášter v dražbě polní maršál, kníže Alfréd I. Windischgrätz i s panstvím o rozloze více než 18200 jiter s 23 vesnicemi koupil za 275500 zlatých konvenční měny. Zaplatil však sotva polovinu této částky, zbytek mu byl odpuštěn za zásluhy o rakouskou monarchii. Tuto věrnost osvědčil Windischgrätz zejména r. 1848 nekompromisním postupem proti pražským, vídeňským i uherským povstalcům. Jinak se Windischgrätzové o Kladruby mnoho nestarali, neboť jejich hlavním panstvím a sídlem byl nedaleký Tachov. V někdejším konventu zřídili r. 1864 dokonce pivovar a chrám P. Marie ponechávali svému osudu. Situace se však změnila po r. 1918, kdy Windischgrätzové pozemkovou reformou a pak i vymřením hlavní větve a rozdělením statků ztratili Tachov. Nový majitel Aladár Windischgrätz se nastěhoval do Kladrub a soustředil zde rozsáhlou knihovnu i rodinný archív. Windischgrätzům patřily Kladruby až do roku 1945, kdy se staly majetkem státu.

  V roce 1945 proběhla konfiskace majetku na základě dekretu prezidenta republiky. Na konfiskátu, který byl spravován Ministerstvem zemědělství a Národním pozemkovým fondem, hospodařily Československé státní statky a Československé státní lesy. Od roku 1946 bylo jednáno o přidělení klášterního majetku řádu Benediktinů, byl vydán přidělovací dekret, ale Benediktini majetek nepřebrali. V roce 1948 přešel majetek pod správu Národní kulturní komise v Praze. Po roce 1960 vzniklo ředitelství státního statku přímo v Kladrubech v klášterním areálu a pokračovala tak celková devastace. V roce 1967 přebralo do své správy kladrubský klášter Krajské středisko státní památkové péče a ochrany přírody v Plzni (současný Národní památkový ústav) a klášter začal sloužit návštěvnické veřejnosti. Od počátku 70. let zde probíhají rozsáhlé rekonstrukce klášterního areálu, nejvíce však po roce 1989 za velké finanční podpory ze strany státu, ale také různých jiných organizací, např. program Phare při Evropské Unii atd.